בחקירה זו נחשד אולמרט כי הוא ואשתו קנו בית לשימור במושבה הגרמנית בירושלים ברחוב כרמייה, בהנחה ניכרת של כ-20% מערכו של הבית. בתמורה, יזם הנדל"ן וחברת אלומות זכו לקידום הפרויקט בעירייה והתערבות בתהליכי מתן ההיתרים לפרויקט. בשנת 2008 התיק נסגר מחוסר ראיות לאחר חילוקי דעות בין השמאים השונים ביחס להנחה שניתנה - לפי דעתו של שמאי אחד מדובר היה בהנחה מוגזמת ואילו על פי חוות דעתו של שמאי שני מדובר במחיר הוגן וסביר. הסיבה השנייה לסגירת התיק הייתה כי למרות ההתנהלות הלא שגרתית בעירייה בנוגע לפרויקט הנדל"ן, לא ניתן היה לקשר בין ההתנהלות לאהוד אולמרט עצמו.
תיק בנק לאומי - נסגר מחוסר ראיות בשנת 2008בחקירה זו נחשד אולמרט כי בזמן הפרטת בנק לאומי, בהיות אולמרט ממלא מקום שר האוצר בממשלת שרון, המכרז הוטה לטובת מקורבו של אולמרט, איש העסקים האוסטרלי פרנק לואי. תיק זה נסגר כיוון ונמצא כי יכול השפעותו של אולמרט הייתה מוגבלת, גם אם ניסה להטות את ההחלטה לצד כזה או אחר, דבר אשר אף הוא לא הוכח ולא היו די ראיות כדי להצביע על קיומו.
פרשת ראשונטורס - האשמה הראשונה במשפט הנוכחי. הסתיים חלקה של התביעה, חלק ההגנה יחל ב-30.5פרשת ראשונטורס כוללת מעבר לקבלת שוחד ומתן הטבות בתמורה תוך ניגוד אינטרסים, גם קבלת דבר במרמה, ומתוך יודעין. בפרשה זו מואשמים אהוד אולמרט וראש לשכתו לשעבר שולה זקן בכך כי גבו מחברות ציבוריות שונות כספים עודפים למימון טיסותיו של אולמרט, עבור עמותות ועבור המדינה בזמן כהונתו כשר התמ"ת. המימון התבצע על ידי גביית מימון כפול ומשולש של עלויות כרטיסי הטיסה ממספר ארגונים שונים ללא ידיעתם, הצגת נתיבי טיסה שונים ועלויות כרטיסים פיקטיביים במטרה להגדיל את סכום מימון הטיסות, והצגת חשבוניות פיקטיביות עבור טיסות אלו. מדובר כ-15 טיסות שבוצעו שתאריכים אלו עבורן נגבה סכום עודף בגובה של כ-92,000$, סכום אשר הופקד בחשבון "אולמרט פרטי" בחברת ראשונטורס. כספים אלו שימשו את אולמרט ובני משפחתו לנסיעות פרטיות ושידרוג הטיסות.
בנוסף, לאחר שחברת ראשונטורס לא זכתה במכרז התמ"ת, נעשה שימוש בחברה הזוכה שתשמש צינור להעברת הכספים לחברת ראשונטורס שהמשיכה לטפל בטיסותיו של אולמרט.
פרשת מרכז ההשקעותפרשת מרכז ההשקעות כוללת את החשד כי אהוד אולמרט הפעיל את השפעתו, כשר התעשייה המסחר והתעסוקה, כדי להעניק הטבות שונות ליוזמות שיוצגו על ידי שותפו, חברו ומקורבו עו"ד אורי מסר. הסיוע בו נחשד אולמרט הוא מתן מענקים בגובה עשרות אלפי שקלים ותוספת לבניית שבילי גישה למפעל טבע פוסט, העלאת ההיטל על ייבוא שמנים, אישור מפעל סיליקט במסלול מענקים, קידום פרויקט נבטים ועוד. אולמרט פעל בניגוד אינטרסים בו היה עליו לפסול את עצמו מלדון בבקשות עו"ד אורי מסר על סמך ההיכרות הקרובה בין השניים, השירותים המוזלים שקיבל אולמרט מעו"ד מסר, ולאור ניהול הקופה הסודית של הכספים שהתקבלו מטלנסקי ואחרים על ידי עו"ד מסר.
חלק התביעה שהסתיים בסוף מרץ כלל את עדותו של עו"ד אורי מסר עצמו, שהעיד כי מסר מעטפות הכוללות סכומי כסף לאולמרט, וזאת בניגוד לעדותו הראשונית במשטרה. עדות מצולמת זו נמסרה בעת שהיה במצב נפשי קשה והודלפה לתקשורת. חלקה של ההגנה יחל בתחילת מאי עם עדותו של אהוד אולמרט עצמו.
פרשת טלנסקי - האשמה נוספת במשפט הנוכחיפרשה זו הידועה כפרשת מעטפות הכסף החלה בהיכרותו של אהוד אולמרט על איש העסקים האמריקאי מוריס טלנסקי. טלנסקי, נדבן, איש עסקים ומגייס הון, העביר סכומי כסף גדולים במזומן (כ- 600,000$) במעטפות לידי אולמרט ישירות או באמצעות ראש לשכתו לשעבר שולה זקן. כספים אלו הועברו לקופה סודית אותה ניהלו זקן ועו"ד מסר. בנוסף, העביר טלנסקי כספים למימון מערכת הבחירות של אולמרט לראשות עיריית ירושליים. בתמורה לכספים אלו פעל אולמרט מתוך ניסיון לקדם עסקים שונים שבראשותו של טלנסקי.
מלבד האשמות אלו במשפט הנוכחי, מואשמת גם ראש לשכתו לשעבר של אולמרט, שולה זקן, בהאזנות סתר לשיחות אותן ניהול אולמרט עם שותפים שונים ללא ידיעתם והסכמתם של כל הנוגעים בדבר, ובכלל זה אולמרט עצמו.
פרשת הולילנד - פרשיית שוחד חדשהבמרץ 2011, הודיעה הפרקליטות כי היא שוקלת העמדתו לדין של אולמרט, בכפוף לשימוע, גם בפרשייה זו בה מואשמים 18 אנשי ציבור בלקיחת שוחד על מנת לקדם את הקמת ופיתוח פרויקט הולילנד בירושלים.
לאחר פרשת קצב שהוא הנשיא הראשון המורשע ונגזר עליו עונס מאסר בפועל, אהוד אולמרט זוכה בתואר המפוקפק של ראש הממשלה לשעבר המואשם בפלילים. מרבית האשמות סבות סביב ניצול לרעה של מעמדו כשר התמ"ת לשעבר במתן יחס מועדף וקבלת טובות הנאה אישיות במעמד זה.
עדי דהן